一、市公安局設下列內設機構：

辦公室、人事科（老干部科）、宣傳科、組教科、警務輔助人員管理辦公室、人民警察培訓學校、警務保障室、審計室、信訪辦、政治安全保衛大隊、單位內部安全保衛大隊、治安警察大隊、交通警察大隊、刑事偵查大隊、經濟犯罪偵查大隊、出入境管理大隊、監管大隊（啟東市看守所）、啟東市拘留所、網絡安全保衛大隊（信息通信處）、法制大隊、督察隊（作風辦）、食品藥品和環境犯罪偵查大隊、巡特警大隊、水上警察大隊、指揮中心（科技情報大隊）、政務服務管理大隊

二、根據區域劃分和工作需要，市公安局設17個公安派出所：

匯龍鎮中心派出所、合作中心派出所、南陽中心派出所、呂四港鎮中心派出所、城西派出所、開發區派出所、北新派出所、啟隆派出所、王鮑派出所、寅陽派出所、惠萍派出所、東海派出所、海復派出所、近海派出所、呂四港海防派出所、連興港海防派出所、塘蘆港海防派出所