啟東市農業農村局內設機構（19個）：

1、市委農辦綜合科（發展規劃科）

2、市委農辦督查考核科（農村社會事業促進科）

3、辦公室

4、人事科

5、法規科（行政服務科）

6、政策與改革科（農村合作經濟指導科）

7、計劃財務審計科

8、鄉村產業發展科（市場與信息化科）

9、種植業與科技教育科

10、農產品質量安全監管科

11、畜牧獸醫科（重大動物疫病防控辦公室）

12、漁業科

13、漁政監督管理科（禁捕退捕科）

14、農機發展監管科

15、農田建設管理科（耕地質量科）

16、農業項目建設監督評價科

17、扶貧工作科

18、沿江沿海安全管理科

19、安全生產監管科

啟東市農業農村局下屬單位（10個）：

1、啟東市農業綜合執法大隊

2、啟東市農業技術推廣中心

3、啟東市蠶桑指導站

4、啟東市動物疫病防控中心

5、啟東市農村環保能源技術推廣站

6、啟東市農業機械技術推廣站

7、啟東市農村合作經濟經營管理站

8、啟東市漁政監督大隊

9、啟東市漁業技術推廣站

10、啟東市呂四漁港船閘管理所