啟東市退役軍人事務局設下列內設機構：綜合科（規劃財務科）、優撫科（擁軍褒揚科）、移交安置科（就業創業科）、思想政治和權益維護科。

啟東市退役軍人事務局設下列事業單位：啟東市軍隊離休退休干部休養所、啟東市烈士陵園管理處、啟東市退役軍人服務中心。