市衛生健康委員會設10個內設機構，各內設機構主要職責如下。
（一）辦公室。負責機關日常運轉工作,承擔文電、會務、機要、檔案、督查、重要文稿起草、保密、信訪、政務公開、建議提案辦理等工作；擬訂衛生健康工作年度責任目標，負責衛生健康系統綜合目標管理考核；負責監督、指導、協調機關及所屬事業單位安全保衛工作；承擔新聞宣傳和信息發布、網絡輿情應對處置等工作。
（二）人事科。擬訂全市衛生健康人才發展政策、規劃并組織實施；指導全市衛生健康人才隊伍建設；負責機關和所屬事業單位的機構編制、干部人事、勞動工資等工作；負責衛生健康專業技術人員資格考試、職稱評聘工作；組織指導衛生健康管理干部培訓工作；負責機關及所屬事業單位的黨建、意識形態和精神文明建設等工作；負責雙擁、統戰及離退休干部工作；組織指導衛生健康工作領域的對外交流與合作；承擔機關及所屬事業單位外事管理工作；協助做好援疆、援青、援外工作。
（三）財務審計科。擬訂全市衛生健康經濟政策；承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理、政府采購和內部審計工作；提出各類衛生健康專項資金安排建議并監督使用；負責衛生總費用核算工作；提出全市醫療服務價格政策建議；協調指導所屬事業單位基本建設和基礎建設項目推進等工作。
（四）法規科（綜合監督科、行政服務科）。承擔規范性文件的合法性審查工作，承擔行政復議、行政應訴和法律法規咨詢、解釋等工作；負責衛生健康行政審批工作，并限時辦結；承擔公共衛生、醫療衛生等監督工作，查處醫療服務市場違法行為；組織開展職業衛生、放射衛生、學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生、傳染病防治和健康產業等監督檢查；完善綜合監督體系，指導規范執法行為；推進全市衛生健康誠信體系建設；開展食品安全風險監測、評估和交流，承擔食品安全企業標準跟蹤管理。
（五）基層衛生和婦幼健康科（衛生應急辦公室）。擬訂基層衛生健康政策并組織實施；指導全市基層衛生健康服務體系建設和基層醫療衛生機構能力評價工作；指導家庭醫生簽約服務、基層基本公共衛生服務和鄉村醫生相關管理工作；擬訂全市重大疾病防治規劃、免疫規劃、嚴重危害人民健康的公共衛生問題的干預措施并組織實施，完善疾病預防控制體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔全市法定報告傳染病疫情信息收集上報工作；承擔市地方病防治領導小組辦公室、市艾滋病與結核病防治工作委員會辦公室的日常工作；擬訂全市職業衛生、放射衛生相關政策并組織實施；開展重點職業病監測、專項調查、職業健康風險評估和職業人群健康管理工作；承擔職業病防治工作；擬訂全市婦幼衛生健康政策，并組織實施；推進婦幼健康服務體系建設；指導婦幼衛生、母嬰健康安全保障、出生缺陷防治、嬰幼兒早期發展和生育技術服務工作；規范避孕藥具管理；承擔突發公共衛生事件的預防控制和緊急醫學救援工作；組織編制專項預案，承擔預案演練的組織實施和指導監督工作；指導衛生應急體系和能力建設；承擔全市突發公共衛生事件應急處置信息收集上報工作。
（六）醫政醫管科（中醫科、信息統計科、市干部保健委員會辦公室）。監督實施國家和省醫療機構及醫務人員、醫療技術應用、醫療質量和安全、醫療服務、采供血機構管理以及行風建設等行業管理政策規范、標準；組織實施醫療技術、醫療質量、醫療服務等地方性規范、標準；承擔推進護理、康復事業發展工作；指導和管理醫院藥事、臨床重點專科建設、臨床實驗室、醫療急救體系建設、醫院感染管理等有關工作；負責開展和督導全市醫療機構評審評價；負責征兵、招生體檢工作；會同有關部門做好醫患糾紛調處、惠民醫療、殘疾人康復、平安醫院建設、對口支援等工作；組織實施大型醫用裝備配置管理；承擔重要會議與重大活動的醫療保障工作；貫徹落實國家藥物政策和國家基本藥物制度，執行國家基本藥物目錄和省藥品增補目錄；組織開展藥品使用監測、臨床綜合評價和短缺藥品監測預警，擬訂短缺藥品供應保障政策并協調實施；健全藥師繼續教育制度，指導醫療機構藥學服務工作；提出藥品價格政策和基本藥物目錄內藥品生產鼓勵扶持政策的建議；組織擬訂衛生健康事業發展中長期規劃；統籌規劃與協調優化全市醫療衛生資源配置工作；指導全市衛生健康事業發展規劃的編制與實施；指導衛生健康服務體系建設；組織推進衛生健康信息化建設；組織開展衛生健康統計工作；擬訂衛生健康科技發展規劃及相關政策；組織、指導衛生健康科技創新與成果轉移轉化體系建設；組織實施衛生健康科研項目、新技術評估管理和適宜技術推廣；承擔與人體健康相關的實驗室生物安全監督工作；組織開展住院醫師、專科醫師培訓等畢業后醫學教育和繼續醫學教育工作，協同指導院校醫學教育；推進全科醫生隊伍建設；組織機關健康扶貧工作；擬訂中醫藥事業中長期發展規劃、計劃并組織實施；指導并監督中醫醫療機構及其醫務人員、醫療質量、醫療服務等管理政策規范、標準實施；指導綜合醫院、婦幼保健機構、專科醫院以及基層醫療衛生機構中的中醫藥工作；擬訂中醫藥人才發展規劃，負責中醫藥師承教育工作；負責中醫藥和中西醫結合工作的管理；負責市干部保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作；負責國家和省市領導、重要外賓的醫療安排；負責市級部門有關干部醫療管理工作；承擔市干部保健委員會辦公室的日常工作。
（七）健康促進科（市愛國衛生運動會委員會辦公室）。負責擬訂健康啟東建設職責分工方案、年度計劃和相關制度并協調組織實施；組織對全市各區（鎮）、各部門推進健康啟東建設工作的指導與督查、考核和評估，開展重大問題調研；組織開展衛生城鎮、健康城鎮的創建和考核評價工作；負責農村改廁、病媒生物防制和農村飲用水水質監測工作；組織開展衛生健康宣傳、健康教育等活動；承擔衛生健康科學普及等工作；承擔健康啟東建設領導小組辦公室、市愛國衛生運動委員會辦公室的日常工作。
（八）人口監測與家庭發展科（老齡健康科）。承擔全市人口監測預警工作并提出人口與家庭發展相關政策建議；落實生育政策；建立和完善計劃生育特殊家庭扶助制度；負責計劃生育獎勵和扶助政策的執行、審查、監督、協調等工作；組織擬訂并協調落實推進健康老齡化的政策措施；負責推進全市醫養結合工作，建立和完善老年健康服務體系；承擔老年疾病防治、老年人醫療照護、老年人心理健康與關懷服務等老年健康工作；承擔市老齡工作委員會辦公室職責，負責擬訂全市老齡工作相關政策；督促、檢查市老齡工作委員會決定事項的落實情況；指導協調老齡宣傳工作；負責聯系、協調市老齡工作委員會各成員單位。
（九）體制改革科。承擔市深化醫改綜合試點工作領導小組辦公室和公立醫院管理委員會辦公室的日常工作；組織推動公立醫院綜合改革，推進管辦分離，健全現代醫院管理制度；擬訂公立醫院運行監管、績效評價和考核辦法并組織實施。
(十)安全生產監管科。主要職責為牽頭擬訂本部門、本行業落實安全生產責任制和相關法律法規的工作規劃；指導本部門、本行業安全生產綜合監管工作；組織開展本部門、本行業安全檢查和專項檢查；參與各類安全生產事故調查工作；綜合協調本部門、本行業安全生產工作等。